在第二季结尾,克拉克因为想摆脱生父乔艾尔的控制,逃避自己的命运而离开小镇,来到大都会用红氪石放逐自己!!在这季中,强纳森为了帮助克拉克找回自己,把他带回小镇,与乔艾尔订下契约,那就是与克拉克团聚后,将克拉克送回给乔艾尔进行训练!!克拉克无意中从拉娜亲戚朋友的年轻故事、以及乔艾尔在卡瓦契洞穴留下的物品,意外发现到乔艾尔曾经来过小镇进行成年仪式的试炼,当时甚至和爷爷海南肯特认识,因此认为自己来到小镇、被肯特家收养,不是巧合,是刻意安排的!!路德父子之间的关系开始分裂,但两人还是持续探索著克拉克的秘密;莱纳对卡瓦契洞穴感到兴趣,莱克斯也私底下在调查克拉克的秘密,却被克拉克发现,再加上莱克斯也对拉娜产生了淡淡的感觉,使得两人的友谊产生了变化!!莱纳年轻时犯下的恶行被克洛伊揭开,幕后的委托人竟然是自己的儿子莱克斯,因此打算进行复仇。乔艾尔发现强纳森帮助克拉克逃避自己的命运,不肯接受自己的使命,于是派出假kara,带克拉克回来进行试炼,重新寻找自己来到地球上的使命!!